A Fermentopão iniciou a sua atividade no início da década de 60, sendo constituída como uma empresa em nome individual, dando início a uma atividade industrial no ramo da panificação, sedeada na altura numa localidade próxima de Beja, designada por Nossa Senhora das Neves.
Inicialmente os meios de produção eram modestos, (assim como todas as empresas do ramo que existiam na região), mas ao contrário de muitas empresas, a Fermentopão nunca parou de crescer: investiu em meios de produção melhorando o processo de fabrico, admitiu novos funcionários e aumentou a produção conquistando cada vez mais mercado através da qualidade dos seus produtos.
Em meados dos anos 90, o gerente da Fermentopão apercebeu-se que a empresa já não tinha condições em termos de espaço para continuar a laborar nas instalações existentes, uma vez que o local se tornara pequeno para as dimensões produtivas que esta atingia. Assim sendo, adquiriram um terreno no parque industrial de Beja e posteriormente construíram a atual unidade de produção de Beja.
O gerente da Fermentopão não perde o interesse em investir, e o ano 2000 foi mais um marco na vida da Fermentopão, dando continuidade à política de crescimento e investimento da empresa, esta adquiriu a Sociedade Panificação Mourense Lda., uma empresa do mesmo ramo com sede em Moura.
Com toda esta expansão a nível nacional e com a entrada nas grandes superfícies comerciais, a empresa sentiu a necessidade de certificar a qualidade dos seus produtos, uma vez que esta é um dos principais factores para enfrentar a concorrência.